سید مصطفی خمینی در آذر 1309 شمسی، در قم متولد شد. و تحصیلات
ابتدایی را در مدرسههای «باقریه» و «سنایی» به پایان رساند. سپس، به تحصیل علوم
اسلامی پرداخت و در سال 1330، سطح را به پایان رسانید و در درس خارج امام قدس سره
و آیتاله بروجردی قدس سره حضور یافت و دیری نپایید که به درجه اجتهاد رسید و از
تقلید بینیاز شد. از دیگر اساتید او در علوم اسلامی، علامه طباطبایی، آیات عظام
داماد، شیخ مرتضی حائری، سید محمد باقر سلطانی، شهید صدوقی، حاج شیخ محمد جواد قزوینی
و سید ابوالحسن قزوینی بودند.
ایشان در سال 1341، همراه با امام قدس سره به مبارزه با رژیم برخاست
و در پیشبرد نهضت اسلامی نقش به سزایی ایفا کرد. در سال 1342، در دورانی که امام
قدس سره در قیطریه تهران زیر نظر بودند، رئیس وقت شهربانی کل کشور (سپهبد نصیری)
او را به شهربانی جلب و هشدار داد که اگر از فعالیتهای سیاسی و مبارزاتی دست
نکشد، تحت پیگرد قرار میگیرد. در روز چهارم آبان 1343، امام علیه لایحه
کاپیتولاسیون سخنرانی کردند و در این سخنرانی، ضمن برملا کردن خیانت رژیم در تصویب
این لایحه، تکلیف خود و ملت ایران را با رژیمهای امریکا، اسرائیل و همچنین با دست
نشانده آنان، محمدرضا پهلوی یکسره کردند. در تاریخ 13 آبان همان سال امام قدس سره
را شبانه دستگیر و به ترکیه تبعید کردند. حاج سید مصطفی از این وحشیگری رژیم، سخت
بر آشفت و به خیابان آمد و با سیل خروشان مردم خشمناک قم به طرف بیوت آیات عظام به
راه افتاد و همگام با مردم قم با فریاد اعتراض خویش، جو رعب و وحشت را شکست و از
مراجع وقت خواستار اقدام برای آزادی امام قدس سره شد. ساواک دستور جلب ایشان را به
شهربانی قم صادر کرد. مأموران رژیم زمانی که حاج آقا مصطفی در بیتِ آیت الله
العظمی مرعشی نجفی قدس سره به گفتگو با ایشان مشغول بود، یورش بردند و ایشان را
دستگیر کردند و مدت 57 روز در زندان قزل قلعه و اغلب در سلول انفرادی زندانی
کردند. در تاریخ 8 دی 1343، از زندان آزاد و در 13 دی که تنها پنچ روز از آزادی او
میگذشت، به دنبال استقبال چشمگیر مردم از آن عالم مجاهد، مأموران رژیم به خانه او
در قم یورش بردند و بار دیگر او را دستگیر نمودند. سرانجام نیز روز 14 دی او را از
ایران به ترکیه تبعید کردند.
در 13 مهر 1344، امام قدس سر ه و فرزندش از ترکیه به عراق برده شدند
و روز 23 مهر 1344، در نجف سکونت گزیده و بیدرنگ درس و بحث را آغاز کردند و حاج
آقا مصطفی افزون بر حضور در درس امام قدس سره، شخصاً به تدریس پرداخته و شاگردان
فاضلی پرورش دادند.
آیتاله سید مصطفی در کنار برنامههای درسی و علمی، با راهها و شیوههای
نوینی، مبارزه با شاه را دنبال کرد و مشاوری برجسته و متعهد برای امام قدس سره
بود. در 21 خرداد 1348، به دنبال یک سلسله فعالیتها و کوششهایی در راه برانگیختن
آیت الله حکیم قدس سره علیه رژیم ضد اسلامی عراق، بعثیها او را دستگیر و به بغداد
بردند. رییس جمهور آن روز عراق (احمد حسن البکر) به وی هشدار داد در صورت ادامه
فعالیت بر ضد حکام بغداد، با واکنش شدیدی روبرو خواهد شد.
آیت الله سید مصطفی خمینی، در نیمه شب یکشنبه اول آبان 1356، به شکل
مرموزانهای به شهادت رسید. در پی شهادت او، امام قدس سره در یادداشتی چنین مرقوم
کردند:
انا
لله و انا الیه راجعون
در روز یکشنبه نهم شهر ذی القعده الحرام 1397، مصطفی خمینی نور بصرم
و مهجه قلبم دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد.
اللهم ارحمه و اغفر له و اسکنه الجنّة بحقّ اولیائک الطّاهرین علیهم
الصّلوة و السّلام.
